臨床表現無特異性,可以似胃炎,胃潰瘍或癌腫而難于區分,X線檢查也不能對診斷有何幫助,雖然在嘔吐物及胃內容物中常能發現大量真菌,但因胃真菌病是如此少見,而胃內容物中可能發現真菌機會甚多,故單純發現真菌并不能認為是胃真菌病,文獻上所有已經報道的胃真菌病均未能有正確的臨床診斷,而最后的確診只能有賴于手術或活組織檢查。