胰腺囊腺癌的主要組織學改變有：
①囊壁由纖維結締組織構成，厚為0.1～0.2cm，伴炎性細胞浸潤。癌細胞可向間質內呈浸潤性生長，也可浸潤胰島、胰腺導管、腺泡等。
②基質纖維化，可見空泡和慢性炎癥細胞浸潤，并與上皮層完全分離。上皮下可見出血、壞互或鈣化灶形成，這些病變在癌變區尤為明顯。
③囊壁覆蓋高柱狀細胞，并可形成皺折向囊腔內突出，癌細胞有較明顯的異形性：細胞核變大，核膜增厚，核漿比例嗇；胞核大小和形態不規則；胞核排列紊亂，極性喪失。
④有的呈囊腺瘤結構，部分有惡突，多在囊壁或房間隔出現局部惡變病灶。因此，在作組織病理學檢查時，必須多處取材，多作切片，才能避免漏診、誤診。晚期胰腺囊癌 大多轉移至肝臟。