第 1 步
數據分析模塊 — 峰提取
? 原始數據文件讀取
? 智能峰提取
整合于 LipidSearch 軟件中的峰提取引擎能夠處理不同 MS 實驗和儀器平臺采集的數據。綜合獨特的峰提取算法、區分不同實驗和儀器類型、整合先進的譜圖處理功能，最終確保精確的譜峰提取。
第 2 步
鑒定模塊 — 脂質鑒定
? 特異性脂質類別鑒定（靶向）
? 全面綜合鑒定（非靶向）
? 得分算法
LipidSearch 軟件提供兩種不同的鑒定及對應的得分算法：
? 特異性脂質類別算法用于分析前體離子掃描和中性丟失掃描的數據，通過極性頭類別或脂肪酸信息來實現對脂質的鑒定。
? 全面綜合鑒定算法用于分析子離子掃描數據，通過與數據庫中預測的脂質碎裂模式進行匹配來實現脂質的鑒定。
? LipidSearch 軟件提供一系列得分算法以獲取可靠性的結果。
第 3 步
定量模塊—對齊及定量
? XIC 峰面積積分
? 保留時間對齊
? 相對定量
? 統計分析
在進行定量分析之前，每個樣品的脂質鑒定結果會在一個保留時間偏差窗口內進行對齊。脂質的定量通過對全掃譜圖中前體離子的提取離子色譜圖積分來實現。為精確計算峰面積，會先對色譜峰進行去噪和平滑，然后再分離部分重疊的峰，最后進行計算。控制組與對照組之間的統計學差異比較通過 t 檢驗進行，每組峰面積的平均結果用“箱須圖”展示。
CoQ7, [M+NH4]+的對齊結果
野生型與突變體酵母菌株脂質輪廓分析揭示各脂類的細微變化
野生型（WT）酵母菌（S. cerevisiae）在消耗完培養基里的葡萄糖之后（二相生長點，diauxic shift point）還能繼續生長，而突變體（KO）菌株由于 CoQ 合成有缺陷，無法繼續生長。取二相生長點之后的野生型和突變體菌株樣品，用 Thermo ScientificTM Q ExactiveTM 四極桿- 軌道阱質譜儀在 MS 和數據依賴 MS2 模式下進行脂質組分析。
第 1 步
數據處理
在包含 MS 和數據依賴 MS2 譜圖數據的 LC/MS 原始文件中檢索可能的脂類化合物，包括 FA（脂肪酸）、鞘氨醇、Lyso-GP（溶血甘油磷脂）、MG（ 單烷基甘油）、GP（PA、PC、PE、PG、PI、PS）、Cer（神經酰胺） 和 CoQ（ 輔酶） 等。檢索質量偏差設置：前體離子的質量偏差窗口設為 5 ppm，子離子設為8 ppm。所有樣品鑒定結果在 0.25min 的保留時間窗口內進行對齊并生成綜合報告。在本實驗的數據文件中，共鑒定到 738 個脂質及異構體，對應 542 種不同的分子式。
酵母菌脂質的 LC/MS 色譜圖