當今已發現3種BFT異構體，即BFT-1，BFT-2和BFT-3。BFT-1、BFT-2分別由ETBF VPI 13784、86-5443-2-2菌株合成、分泌。BFT-3（Korea-BFT）由Chung和Kato分別于1999年、2000年從韓國和日本分離的ETBF菌株中發現，BFT-1和BFT-2具有92%的相同氨基酸序列，主要差異為：
（1）用高辨析率陰離子交換柱純化BFT時，洗滌時所用的NaCl溶液濃度不同，表明兩者所帶的凈電荷量不同；
（2）體外實驗表明，F、BFT-2對HT29/C1細胞系的生物活性化BFT-1微弱而持久；
（3）二者在SDS-PAGE時表現出不同的電泳特性；
（4）二者的抗原性也存在一定的差異。BFT-3與BFT-1、BFT-2分別有21和11個氨基酸的差異，氨基酸序列分析表明BFT-3與BFT-2關系更加密切，主要表現為用高辨析率陰離子交換柱純化BFT時洗滌所用的NaCl溶液和SDS-PAGE時電泳特性相同，但BFT-2缺乏存在于BFT-3C末端的具有疏水，親水兩重性的區域現已有人報道從歐洲分離的ETBF檢測到BFT-3，但檢出率顯著低于亞洲地區，提示BFT具有一定的地區特異性。