一、能具有較強的免疫調節作用，可用于治療紅斑狼瘡和硬皮病等自身免疫性疾病，降低細胞或器官移植后的免疫排斥反應，提高細胞或器官移植的成功率；
二、能促進造血恢復功能，與單一造血干細胞移植比較，間充質干細胞和造血干細胞共移植能顯著提高白血病和難治性貧血等疾病的治療效果；
三、能修復損傷或病變的組織器官，用于治療骨和肌肉衰退性疾病、心腦血管疾病、肝病、腦及脊髓神經損傷和老年癡呆等。
四、能在體內或體外通過生物因子定向誘導分化為神經細胞、胰島素分泌細胞等，從而為帕金森、糖尿病等治療提供新的治療方式，是目前干細胞研究的熱點之一。