腦干腫瘤的預后與許多因素有關:腫瘤的部位、病理性質、治療選擇等。中腦區腫瘤相對好于腦橋腫瘤;Ⅰ-Ⅱ級星形細胞瘤預后優于多形性膠質母細胞瘤。CT掃描表現為Ⅰ型者預后較好,Ⅲ型預后差。腫瘤大小亦與預后有關,腫瘤越大,預后越差。