腰椎穿刺CSF后，加入2ml加入磺基水楊酸鈉5mg/ml振蕩沉淀蛋白，立即放入冰壺，10h內送入-20℃冰箱或盡快放入-40℃--70℃保存。不超過2個月。應避免血液污染(因紅細胞內Asp含量高于血漿的200倍)。要求停止服藥一周后采樣。
采用高效液相色譜儀及氨基酸分析儀可分離測定出20余種氨基酸。有些報道的正常含量差異甚大，可能由使用儀器，方法與對標本處理及貯存條件的不同所致，且在某些疾病的CSF中氨基酸濃度的改變還存在著矛盾，因此CSF中氨基酸的測定方法與臨床意義尚需進一步研究。
CSF中氨基酸含量隨年齡增長而升高者有谷氨酸、絲氨酸、組氨酸、蘇氨酸、精氨酸、胱氨酸，但無性別間差異。