腦脊液的細胞計數有助于中樞神經系統疾病的診斷和鑒別診斷。
1、中性粒細胞增多多見于細菌性化膿性腦膜炎，常達(1～20)×109/L；早期病毒性腦膜腦炎、早期結核性或真菌性腦膜炎，很少超過I×109/L。也見于中樞神經系統出血后。反復腰椎穿刺、蛛網膜下腔注射異物、慢性粒細胞白血病及中樞神經系統轉移性腫瘤等。
2、淋巴細胞增多見于病毒性腦炎、梅毒性腦膜腦炎、結核性或真菌性腦膜炎、寄生蟲病等。此時常出現混合性細胞反應(包括漿細胞、巨噬細胞、單核細胞等)，細胞數常達1×109/L。也見于多發性硬化癥、多發性神經炎等非感染性疾病。
3、嗜酸性粒細胞見于寄生蟲性和真菌性感染、急性多發性神經炎、過敏性反應、腦淋巴細胞白血病。
4、嗜堿性粒細胞見于寄生蟲感染、慢性粒細胞白血病累及腦膜。
5、單核細胞常隨淋巴細胞、漿細胞增多而增多。
6、巨噬細胞見于結核性或真菌性腦膜炎，對腦脊液中出現紅細胞、異物、脂肪等的反應。攝入布洛芬、磺胺甲基異惡唑、蘇靈大等藥物可使腦脊液細胞數增加。
結果偏高可能疾病：
小兒無菌性腦膜炎綜合征