脫落酸的合成部位主要是根冠和萎蔫的葉片，莖、種子、花和果等器官也有合成脫落酸的能力。
例如，在菠菜葉肉細胞的細胞質中能合成脫落酸，然后將其運送到細胞各處。脫落酸是弱酸，而葉綠體的基質呈高pH，所以脫落酸以離子化狀態大量積累在葉綠體中。
