1、稀釋法
按稀釋分離方法取富集培養液稀釋至10-4、10-3、10-6三個稀釋度，分別用無菌滴管于上述稀釋液中吸取培養物1—2滴接種10-20瓶硝化細菌增殖培養液中，28℃恒溫箱中培養3周后，依前述方法檢驗NO2-的減少和NO3-的增長。
2、微口滴管滴分法
此法依據是接種的每小滴培養液中盡量只含有一個硝化細菌的細胞。分離時，用無菌的微口滴管吸取少量富集培養液的上清液接種于盛有硝化細菌增殖培養液的錐形瓶中(接種時傾斜錐形瓶，使瓶底露出培養液的液面，以微口滴管尖端輕輕接觸錐形瓶底即可)，共滴10-20瓶，28℃恒溫培養3—4周，按前述方法檢測NO2-及NO3-的消長。