天然礦泉水不適合采取任何種類的殺菌處理，經過裝瓶后它們經常在儲存幾個月后才被銷售出去。因此，考慮到人體的健康因素，了解水中病原菌和指示菌的存活能力尤為重要。許多早期有關水中細菌存活率的文獻都指出“自滅”和“消減”可作為海水或淡水中來源于糞便的細菌變化的惟一指標，這主要歸功于海水的殺菌特性和淡水的自我純化能力。稀釋、光照溫度以及諸如寄生、拮抗、捕食這樣的生物參數可能是影響病原菌和指示菌的重要因素。“自滅”和“消減”這樣的術語被用來描述細菌污染程度的改變是不合適的。海水或淡水可復生的細菌數量的急劇降低不但是細胞真正死亡的結果，也就是說細菌變得不能生存，而且還是對不利環境的生理適應以及同物理、化學、生物過程的復雜作用的結果。細菌污染程度的改變可以被描述為其生存能力以及培養持續性、再生能力的減弱。在某特定的生長環境下，比如營養不足，細菌可能會進入一種生存但不生長的狀態(VBNC)。在這個狀態下，細菌在正常物質中不生長，但保留其活體的某些特點，比如呼吸和酶反應。有人認為，VBNC狀態代表一種為了存活而采取的策略，并且許多種細菌(包括病原菌和指示菌)，都已被證明在實驗室可以進入VBNC狀態。
通過在水面獲得的有關細胞存活率的數據不可能完全推斷出瓶裝水中的細菌存活率。例如,考慮到許多特殊的因素，比如鉆洞的沖擊力、裝瓶的壓力、部分細菌與固體表面接觸，異養菌的數量在裝瓶后幾天可達到很高的水平。