2007年實驗室對蛋白質測序儀的需求
Edman降解法是測定蛋白質序列的經典方法，該方法由瑞士生物化學家佩爾·維克托于1950年創立。Edman降解法通常是以周期的形式來表征。對于一個完整的周期，異硫氰酸苯酯標記上指定肽段的N末端，環化，之后被標記的氨基酸在酸性條件下從肽鏈中游離出來，進一步酸化后形成一個更加穩定的乙內酰苯硫脲-氨基酸(PTH-AA)衍生物。PTH-AA衍生物可以通過高效液相色譜鑒定。埃德曼降解周期就是通過反復地將多肽的氨基酸依次降解下來，從而鑒定氨基酸序列。
1982年，美國應用生物系統(ABI)公司了將第一臺商用自動多肽測序儀推向市場，并被實踐證明是可靠和耐用的。實際上，在過去幾十年中，自動多肽測序儀只有屈指可數的一些改進，但此類自動肽測序儀仍是測定肽序列的黃金標準。然而，串聯質譜的使用已經成為日益重要的肽序列測定工具。質譜，特別是串聯飛行時間(TOF-TOF 和QTOF)質譜儀可以對少量樣本進行更快速的分析。
與質譜相比，自動Edman降解測序的明顯優勢在于：已被化學驗證的精確性、系統初始投資較小;然而，它的缺點是：分析時間較長、測得序列數有限，典型的測量長度范圍是20~50個氨基酸序列。而對于低豐度的肽、無法獲得N末端的肽，或者需要更短的分析時間，質譜則是理想的工具。但是，質譜價格高且無法區分同分異構的氨基酸。
雖然美國應用生物系統(ABI)公司主導了自動多肽測序儀的市場，但由于市場疲軟，ABI于2008年6月停止生產自動多肽測序儀。然而島津公司看準了機會，在2009年匹茲堡會議上將其PPSQ自動多肽測序儀推向北美市場，PPSQ已在日本廣泛應用超過20年。另一方面，對用質譜測定蛋白質序列的方法改進的需求保持旺盛，布魯克·道爾頓公司最近推出了Edmass Micro MALDI-TOF和 Edmass Ultra TOF-TOF 系統，這是專門為沒有質譜使用經驗的多肽化學家們設計的。
自動多肽測序儀的市場主要來自于科研機構，但過去幾年中自動多肽測序儀的市場需求增長處于某種停滯狀態，尤其是質譜變得容易獲得。但是，隨著肽自動測序儀在連續使用過程中的老化，Edamn化學家們正在準備購買新設備。售后服務、附件、耗材及試劑有望在短期內對自動多肽測序儀市場產生推動作用。
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