自身免疫性肝炎的發病機制尚不清楚，目前認為遺傳是自身地區免疫性肝炎的國內主要因素，遺傳易感性可影響機體自身抗原的發現免疫反應性及其聯系臨床表現。人類白細胞抗原和DR。是自身免疫科研性肝炎獨立的危險因子。此外，工作病毒感染、藥物和環境可作為促發因素，促使自身教授免疫性肝炎發病。病人由于免疫調控功能缺陷，導致機體對自身肝細胞抗原產生反應，表現為以細胞介導的細胞毒性作用和肝細胞表面特異性抗原與自身抗體結合而產生的免疫反應，并以后者為主。
中醫認為自身免疫性肝硬化屬中醫“脅痛”、“黃疸”、“痹癥”、“陰陽毒”、“虛勞”范疇，其主要病因病機為素體稟賦不足；后天失養或長期情志抑郁，復感濕熱疫毒或醫藥誤傷而致熱毒內蘊，侵襲血脈，血瘀阻滯，經脈流通不暢，熱毒耗傷陰以致陰虛血虧，而血脈瘀阻又可致陽氣不通。并由此導致肝、脾功能失調，轉化為自身免疫性肝硬化，出現各種危候。