1、色譜柱污染
在開始時沒問題，在使用一段時間后出現這個問題，可能是由于污染引起的。這時需要對色譜柱加強沖洗，即使用比方法流動相更強的溶劑沖洗色譜柱。圖1中使用純乙腈沖洗色譜柱消除了3號峰分叉問題。
2、保護柱失效
如果樣品基質比較臟，使用一段時間之后，發現的峰分叉或拖尾等問題，很有可能是保護柱失效造成的。一般粗略判斷標準，塔板數、壓力或分離度的改變超過 10%，就需要更換保護柱了。保護柱是消耗品，建議直接更換，不需要再生。
3、接頭連接不正確
如果色譜柱在使用過程中發現每個峰的峰形都出現問題，先考察是否有連接問題。
管線可能太長或太短——這種情況可能導致滲漏或峰分叉/拖尾，如圖2所示。如果管線太長，密封圈位置不當，將發生滲漏。如果管線推出的距離不夠，將會產生一段死空間，形成混合腔。
導致柱外體積，使峰形變壞。如果您使用的是不同廠商的色譜柱，一定要確保使用正確的接頭，并保證色譜柱末端接頭位置正確。
安捷倫推薦帶前后墊圈的 Swagelok 型接頭，能讓安捷倫液相色譜系統獲得最佳性能。在所有儀器連接處都可以使用這種接頭，包括閥、加熱器、連接色譜柱等。進行良好連接的步驟如圖所示：
4、溶劑效應
在反相 LC 中， 如使用 100% 有機溶劑或 100% 強溶劑（圖4中為乙腈），大體積進樣時，將使色譜峰過早洗脫出色譜柱，導致峰變形。如需解決這個問題可以對分析物進行蒸發濃縮，從而減少進樣體積。或者進樣溶劑改為用水稀釋，與流動相更為兼容。
即使進樣體積較大也不會出現峰變形。較早流出的峰或靠近溶劑前沿的峰更容易出現拖尾。在液相色譜中用溶于流動相的小體積進樣最為理想。
待測組分由色譜柱流出的后通過檢測器系統時所產生的響應信號和微分曲線稱為色譜峰，或簡稱峰。