關于峰形的變化多加一節番外——關于色譜柱的平衡，這一點也是一般書中不會多講的，但是實際工作中很容易遇到的，所以小編單獨開一節。當然，由于引起峰形異常的原因非常明確——僅僅是柱子未平衡完全，所以下文中主要談到的是如何平衡以及不合理的平衡措施所產生的影響。
色譜柱平衡未完全也會引起峰形的變化，當然，未平衡完全更多情況下會帶來保留時間的變化。關于這一點，我們今天暫時不考慮，該話題放到今后保留時間的話題中再討論。由于平衡未完全導致的峰形失真通常伴隨著保留時間的改變。
在我們把柱子安裝到儀器中前，必須確認儀器中原有管路中的試劑跟色譜柱保存試劑是相容的。如果不相容，需要在接上柱子前先打開purge閥把儀器管路中的試劑過渡并切換成與色譜柱保存試劑相容的試劑。
特別需要關注系統正反相切換的時候：對于反相色譜柱，可能會因為正反相不相容而使接下去的實驗出現不可估計的異常現象；而對于正相硅膠柱，或者氧化鋁色譜柱，或者某些涂覆型手性柱，它們對水非常敏感，很可能會讓接下去的實驗中讓色譜峰嚴重變形，并且可能對色譜柱造成不可逆的損壞，所以在正反相的切換中需要切換完全。這里額外多提一次，由于水極性非常大，殘留的水分對正相體系的影響非常大，哪怕是極微量的水分。
不管是正相切換到反相還是反相切換到正相，第一步都是把系統中原有的酸、堿、或者其他添加劑置換完全，然后過渡到乙醇/異丙醇或者其他過渡溶劑；最后置換成接下去所需使用的體系。
即便都是在反相色譜中的切換，也需要過渡完全。通常，反相色譜柱會保存在純甲醇或者純乙腈當中，反相色譜流動相緩沖液中很多情況下會加入緩沖鹽，如果不經過置換，含鹽緩沖液與純有機相相遇，很容易產生鹽析。一旦產生鹽析，很可能損壞柱床。為了避免這種情況的發生，在過渡到所使用的帶緩沖鹽的流動相前，先使用1~3個柱體積的50%體積比的甲醇水過渡一下，然后再轉到緩沖鹽體系平衡即可。
同理，因為正己烷只能跟甲醇/乙腈只能部分混溶，用于正相體系保存的正己烷過渡到反相，需要合適的溶劑過渡；而用水相緩沖液保存的離子交換柱的過渡，也需要合適的溶劑過渡。
一般來說10~20柱體積的平衡就可讓色譜柱達到平衡狀態。當然，在使用了離子對或者胺類改性劑的體系中，平衡時間需要適當延長，以達到完全平衡的目的。
色譜柱的平衡非常簡單，關注點更多在一些細節上。只要在工作過程當中多加注意，仔細一些，便能達到較好的效果。當然，平衡時間并不是越長越好，從經濟角度看，在盡可能短的時間內使柱子達到平衡，不僅節省了時間，還節省了試劑。這一點，從環保角度看也是非常好的。