10月31日，由廣西農業科學院蔬菜研究所研究員王益奎領銜的研究團隊，于生物學論文預印本服務器BioRxiv在線發布了染色體級別的高質量茄子基因組序列。該團隊采用PacBio測序技術，結合Dovetail Hi-C建庫技術與HiRise組裝算法，獲得了目前連續性最好的茄科作物基因組，標志著茄子基因組研究邁入了高清時代。
茄子是茄科最重要的作物之一，在茄屬植物中產量和經濟價值居第三位。本次公布的茄子參考基因組，Contig N50達到了5.3Mb，Scaffold N50 更是達到了93.9 Mb，序列總長度1155.8 Mb。
“之前，日本和意大利的團隊分別發表了以二代測序技術為主獲得的茄子參考基因組。這次我們采用最新的三代測序技術和Hi-C技術，在組裝質量和連續性上遠遠高于國外研究團隊的基因組版本。”論文通訊作者、項目負責人王益奎說，“以最近意大利團隊發表的茄子基因組為例，其Contig N50 為16.7Kb，而我們的基因組版本Contig N50達到5.3Mb，連續性提高300多倍。”
通過比較基因組學分析發現，茄子物種特異的646個基因家族和364個陽性選擇基因，賦予了茄子特有的性狀。研究團隊進行了抗病基因的全基因組鑒定，發現在茄子和辣椒中有一個擴張的細菌斑點抗性基因家族，而在番茄和馬鈴薯中沒有。此外研究團隊發現在茄子、番茄和馬鈴薯基因組中，多酚氧化酶基因的染色體分布模式高度相似。高質量的茄子參考基因組序列不僅有利于茄科植物的進化研究，更為茄科植物的選育和改良提供了便利。
該研究得到國家自然科學基金項目、廣西科技重大專項、國家現代農業產業技術體系廣西大宗蔬菜創新團隊項目的支持。
相關論文信息：https://doi.org/10.1101/824540
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