選擇單通道實驗還是多通道實驗？
這是要根據實驗需要來選擇的，如果有一個、兩個或是三個基因要進行比較，并用看家基因進行對照，可以考慮選擇多通道實驗。多通道實驗的好處是可以消除樣本加樣的誤差。
但要克服的困難也比較多，一是條件的優化比較麻煩，即多種PCR反應以及探針要在同一個反應條件下進行，并且效率都要比較高，另一個困難是要求相互之間沒有干擾，因為干擾會影響到實驗結果。
還有一個困難是當一個基因的模板數顯著大于其他基因時，因為共用核苷酸等資源的原因，會讓模板數少的基因的定量值變小或變為零。因此一般兩通道的實驗比較多些，即一個基因進行多樣本比較，用看家基因進行對照。
可以看出，如果單通道實驗可以解決問題，就不要選擇多通道實驗了。三個以上的基因進行比較時就最好用單通道。因為一般的儀器最多也只有四個通道，就是有更多的通道，實驗條件的優化也是足夠麻煩了。
雙通道實驗時如何克服反應條件、干擾以及模板數差別很大等困難？
對于反應條件的優化，可通過兩個單獨實驗的標準曲線來優化，主要是復性溫度，可用PCR儀的溫度梯度功能來選擇，然后找到一個合適的復性溫度。對于如何確定是否存在相互干擾，則要通過兩個獨立的單通道實驗與雙通道實驗的結果進行比較，如果差別不大，則表明沒有干擾。
至于模板數差別很大的問題，可以通過降低引物濃度的方法來實現，即primer limited，在一般的PCR反應中，引物的濃度是足夠高的，基本上可以將反應液中的核苷酸全部消耗盡，在優化引物濃度時，用不同的引物濃度進行實驗，找到不影響反應的CPhone值的最低引物濃度。
這樣在實際反應中，模板數高的基因在引物耗盡后，反應液中仍然有足夠的核苷酸等用于另一個基因的反應。