熒光標記的單克隆抗體技術為流式細胞儀在研究細胞膜和細胞內各種功能性抗原、腫瘤基因蛋白等領域擴展了無限的應用空間。熒光探針可以通過蛋白質交聯劑共價結合在單克隆抗體上。免疫熒光標記最常用的染料有異硫氰酸熒光素(fluorescein isothiocyanate, FITC)、藻紅蛋白(PE)以及AlexaFluor系列染料等。