藥品雜質通常分為：有機雜質、無機雜質、殘留溶劑。
有機雜質可在藥品的生產或貯存中引入，也可由藥物與輔料或包裝結構的相互作用產生，這些雜質可能是已鑒定或者未鑒定的、揮發性的或非揮發性的，包括起始物、副產物、中間體、降解產物、試劑、配位體和催化劑；
其中化學結構與活性成分類似或具淵源關系的有機雜質，通常稱為有關物質。
無機雜質可能來源于生產過程，如反應試劑、配位體、催化劑、元素雜質、無機鹽和其他物質（例如：過濾介質，活性炭等），一般是已知和確定的。
藥品中的殘留溶劑系指原料藥或輔料的生產中，以及制劑制備過程中使用的，但在工藝操作過程中未能完全去除的有機溶劑，一般具有已知的毒性。