對骨嗜酸性肉芽腫應以局部病灶手術刮治和輔以低劑量放療為主；對孤立的小型病損也可先試用放療。對多發性骨嗜酸性肉芽腫還可輔以化療，包括潑尼松治療。
對韓-薛-柯及勒-雪病應以綜合化療為主，必要時也可輔以局部放療，但療效較差，僅起緩解病情的作用。
1.骨嗜酸性肉芽腫 采用外科局部刮治加低劑量放療為主，多發性骨嗜酸性肉芽腫者還可輔以化療；放療總量為40～50Gy，每次1.2～2Gy。
2.韓-薛-柯病 因病變累及多個臟器，故應首選綜合化療或皮質激素局部注射，必要時也可輔以小劑量的局部放療可能有效。
3.勒-雪病 無有效療法。國內有學者推薦不妨采用聯合化療，可能會緩解病情，即細胞毒素類藥物如長春新堿/長春堿、環磷酰胺[2.5～5mg/(kg·d)]，甲氨蝶呤、6-巰基嘌呤等；免疫制劑：胸腺素、胸腺素、α-干擾素等；皮質激素：潑尼松龍、潑尼松[2.2mg/(kg·d)]、氫化可的松、地塞米松等，可交替聯合應用。