由于該病容易復發，各種治療期一般不宜短于六個月，有的病例需維持用藥3～5年才能充分緩解。常用的藥物有以下幾類。
（1）抗焦慮藥目前臨床主要應用苯二氮卓類藥物與丁螺環酮等。驚恐發作宜選用前者；廣泛性焦慮癥可選用其中一種。兩類藥物均有抗焦慮作用。
（2）抗抑郁藥抗抑郁藥不僅有抗抑郁作用，也有抗焦慮作用，且無依賴性；可作為苯二氮卓類的替代藥物長期使用，其中包括三環類（TCA）、選擇性血清素再吸收抑制劑（SSRI）、血清素-去甲腎上腺素重攝取抑制劑（SNRI）、正腎上腺素及特定血清胺抗郁劑（NaSSA）等。三環類對負性情緒和認知癥狀較苯二氮卓類為佳，但對軀體癥狀效果不佳。常用藥物為丙米嗪。值得注意的是，SSRI和SNRI初期使用時會出現一過性加重焦慮，因此開始使用時需謹慎，或前幾天與苯二氮卓類藥物合并使用。近年來，SSRI類SNRI類藥物的不良反應較輕，常被推薦為治療廣泛性焦慮障礙的一線藥物。美國FDA批準的治療廣泛焦慮障礙的藥物包括文拉法辛、度洛西汀、帕羅西汀、艾司西酞普蘭和丁螺環酮。我國SFDA批準的藥物有文拉法辛、丁螺環酮，曲唑酮可用于伴有抑郁癥狀的焦慮障礙，傳統抗抑郁藥物多塞平也可使用。
阿米替林、多塞平是價廉物美的藥物，因其產生抗焦慮作用時的劑量較抗抑郁作用時的小，故相應的抗膽堿能不良反應很少引起明顯不適。如不良反應較明顯或患者有自傷傾向，應使用不良反應較小即使過量服用也無明顯不良反應的新型抗抑郁藥物。
單胺氧化酶抑制劑（MAOI）現已用于治療慢性焦慮障礙。可在上述藥物治療不佳時選用。因該藥與其他藥物的相互作用以及必須禁用某些食物，現已較少使用或需在專家指導下應用，同時應嚴格遵守藥品說明書的規定。
（3）β-受體阻滯劑通常用于控制嚴重持續的心悸，而該癥狀通常對其他抗焦慮藥物無效。單用β-受體阻滯劑對廣泛性焦慮障礙的作用有限，在使用時必須注意藥品說明書中的注意事項及禁忌證。
（4）其他丙戊酸鈉也能有效地治療驚恐發作。可酌情口服。