藥物治療手術后反流性胃炎效果不明顯，尤其是有明顯膽汁嘔吐者。但藥物治療可能解除某些暫時的癥狀，消除較輕的臨床表現，并且可使醫生在一個時期內對病人進行連續性觀察和判斷，有利于手術方案的確定。
（1）膽鹽吸附劑 傳統的有效藥物是氫氧化鋁，可非特異性地吸附膽鹽和溶血卵磷脂等可能有毒性的物質。消膽胺是一種陰離子交換樹脂，能與反流胃內的膽酸結合后排出體外，減少膽酸對胃黏膜的損傷，從而減輕癥狀。同類藥物降脂Ⅱ號、Ⅲ號樹脂國內有生產，現主要用于高膽固醇血癥的治療，二者的作用原理同消膽胺，亦可用于手術后反流性胃炎的治療，由于藥物味道不好及引起繼發性便秘使病人很難耐受，致使應用受限。
（2）促進胃排空的藥物 常用藥物是胃復安和馬叮啉，能提高殘胃收縮的頻率和強度，調整胃竇部與十二指腸球部的運動，因而有促進胃排空作用，可減少膽汁反流量，減少十二指腸內容與胃黏膜接觸的時間。
（3）戒煙 吸煙可增加膽汁反流，故患者應戒煙。靜脈營養可減少膽汁和胰液的分泌，臨床治療2～4周后，胃鏡及活體組織復查，胃炎有明顯好轉，對體質衰弱、營養不良者尤為適宜，并可作為術前準備之用。