對于維生素缺乏所致的高同型半胱氨酸血癥患者， 目前臨床中多聯合使用維生素B6、維生素B12和葉酸進行治療。
1、葉酸
對于單純高同型半胱氨酸血癥可補充葉酸治療，若合并高血壓，可以使用依那普利葉酸片降壓治療。
2、維生素B6和維生素B12
單獨使用維生素B6和維生素B12降低血漿同型半胱氨酸的作用并不明顯， 只有同時應用葉酸時才能顯著降低血漿同型半胱氨酸水平。
注意事項：研究結果提示，補充B族維生素可能更適用于由于飲食及不良習慣導致的高同型半胱氨酸血癥，對于遺傳因素引起的高同型半胱氨酸血癥效果不如前者明顯。另外，大劑量應用葉酸可能會導致哮喘、皮疹等，加大罹患前列腺癌的風險。所以應在醫生的指導下根據體內維生素水平進行個體化治療。