基質輔助激光解吸/電離（MALDI）及電噴霧等技術為分析極性強、難揮發等特點的生物樣品提供了可靠條件。肽質量指紋譜是利用特異性蛋白酶對不同蛋白質一級結構進行水解處理后得到具有獨特特征的肽混合物，稱其為指紋譜。該方法是目前進行蛋白質鑒定的常用方法。將待測蛋白質樣品經垂直板電泳或二維電泳分離，經酶切、肽段提取后，將所得的肽段混合物進一步分離，通過電噴霧－質譜技術在線測定蛋白質的肽譜，從而實現鑒定。該方法不需要進行肽混合物的分離，具有操作簡單、分析快速及靈敏度高的特點。
