基本的病理變化是小血管炎，典型的的特點是增生性、血栓性、壞死性血管炎及血管周圍炎性細胞浸潤所形成的立克次體肉芽腫，也稱為斑疹傷寒結節。這種血管炎可分布全身各組織器官。多見于皮膚、心肌、中樞神經系統。中樞神經系統以大腦皮質、延髓、基底節的損害最重，橋腦、脊髓次之。腦膜可呈急性漿液性炎癥。肺可有間質性炎癥和支氣管肺炎。肝臟匯管區有嗜堿性單核細胞浸潤，肝細胞有不同程度的脂肪變性及灶性壞死與單核細胞浸潤。腎臟主要呈間質性炎性病變。
腎上腺可有出血、水腫和實質細胞退行性變，并有斑疹傷寒結節。
