1。根據序列比對，相似性分析，初步估計蛋白質可能的功能
2。查閱文獻，看有否相關研究
3。如果用血清，在未知功能情況下，很難有所作為，建議等初步知道功能后，用血清是驗證抉具體作用的
4。比較常用的未知基因分析方法，是從基因水平入手：
將該基因敲除(現在可以考慮RNAi)，看看在功能組、蛋白組、轉錄組等等有何改變？形態等宏觀水平有否改變？
將該基因過表達(轉入表達載體，或用小分子特異上調該基因？)，看看是否有回復等等
5。初步確定功能后，再根據是受體、酶、轉運蛋白、調控蛋白等等的不同做后續的研究工作
總的來說個人認為前兩步是最重要的，先確定、分析一下已知的東西，再考慮下一步