蛋白水解酶又稱肽酶，包括內肽酶、外肽酶、寡肽酶和二肽酶。內肽酶有胃蛋白酶、胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶和彈性蛋白酶，對肽鏈內肽鍵的特異性不同。胃蛋白酶對底物特異性較低，主要水解Phe、Try C端的肽鍵；胰蛋白酶水解Lys、Arg C端；胰凝乳蛋白酶作用Phe、Try C端；彈性蛋白酶作用脂肪族氨基酸C端。羧肽酶、氨肽酶是外肽酶，羧肽酶B要求肽的C末端氨基酸殘基必須是Arg、Lys；羧肽酶A則水解除Arg、Lys，Pro或羥脯氨酸外的C末端氨基酸殘基。
