由于核心蛋白分子的大小和結構不同和糖胺聚糖鏈的分子、數目、鏈長、硫酸化部位和程度不同，形成的蛋白聚糖種類極多。
早期根據其組織來源或（和）聚糖成分，有軟骨蛋白聚糖、硫酸皮膚素蛋白聚糖、角膜硫酸角質素蛋白聚糖等名稱。
根據核心蛋白氨基酸序列的同源性，并綜合各種分類的依據，包括按其在細胞內外的分布，把蛋白聚糖分成若干個家族，現舉例如下：
（1）大分子聚集型胞外基質蛋白聚糖
（2）小分子富含亮氨酸胞外基質蛋白聚糖
（3）跨膜胞內蛋白聚糖
