除透明質酸外，所有糖胺聚糖鏈的延伸都是在一個與核心蛋白共價連接的所謂連接區（寡糖鏈）上進行的。連接區合成的起始和糖肽間連鍵類型與糖蛋白中的相同，只是寡糖鏈形式有所不同。CS/DS鏈和HS/Hp鏈的連接區是一個四糖鏈：GlcUAβ(1→3)Galβ(1→3)Xylβ1-O-Ser，屬O-寡糖鏈；聚糖的二糖單位（己糖醛酸→己糖胺）裝配在它的非還原端GlcUA上。軟骨可聚蛋白中的連接區是另一形式的O-寡糖鏈，即O-GalNAc糖鏈，這是一個分支的六糖鏈，Siaα2→3Galβ1→4GlcNAcβ1→6(Siaα2→3Galβ1→3)GalNAcα1-O-Ser/Thr。CS或KS就是取代其中一個分支末端的Sia殘基與核心蛋白相連的。很多蛋白聚糖的連接區是N-寡糖鏈，例如存在于角膜中的小分子硫酸角質素蛋白聚糖（KSPG），其KS就是通過一個二天線復雜性N-寡糖鏈與核心蛋白連接的。