1. 由于與凝膠聚合有關的硅橡膠稱、玻璃板表面不光滑潔凈，在電泳時會造成凝膠板與玻璃板或硅橡膠條剝離，產生氣泡或滑膠；剝膠時凝膠板易斷裂，為防止引現象，所用器材均應嚴格地清洗。硅橡膠條的凹槽、樣品槽模板及電泳槽用泡沫海綿蘸取“洗潔凈”仔細清洗。玻璃板浸泡在重鉻酸鉀洗液3-4h或0.2mol/L KOH的酒精溶液中20min以上，用清水洗凈，再用泡沫海綿蘸取“洗潔凈”反復刷洗，最后用蒸餾水沖洗，直接陰干或用乙醇沖洗后陰干。
2. 安裝電泳槽和鑲有長、短玻璃板的硅橡膠框時，位置要端正，均勻用力旋緊固定螺絲，以免緩沖液滲漏。樣品槽板梳齒應平整光滑。
3. 在不連續電泳體系中，預電泳只能在分離膠鄉合后進行。洗凈膠面后才能制備濃縮膠。濃縮膠制備后，不能進行預電泳，以充分利用濃縮膠的濃縮效應。
4. 電泳時，電泳儀與電泳槽間正、負極不能接錯，以免樣品反方向泳動，電泳時應選用合適的電流、電壓，過高或過低無可影響電泳效果。
5. SDS純度：在SDS-PAGE中，需高純度的SDS,市售化學純SDS需重結晶一次或兩次方可使用。重結晶方法如下：稱20g SDS放在圓底燒瓶中，加300ml無水乙醇及約半牛角匙活性碳，在燒瓶上接一冷凝管，在水浴中加熱至乙醇微沸，回流約10min,用熱布氏漏斗趁熱過濾。濾液應透明，冷卻至室溫后，移至-20℃冰箱中過夜。次日用預冷的布氏漏斗抽濾，再用少量-20℃預冷的無水乙醇洗滌白色沉淀3次，盡量抽干，將白色結晶置真空干燥器中干燥或置40℃以下的烘箱中烘干。
6. 用SDS處理蛋白質樣品時，每次都會在沸水溶中保溫3——5min,以免有亞穩聚合物存在。
7. 標準蛋白質的相對遷移率最好在0.2——0.8之間均勻分布。值得指出的是，每次測定未知物分子量時，都應同時用標準蛋白制備標準曲線，而不是利用過去的標準曲線。用此法測定的分子量只是它們的亞基或單條肽鏈的分子量，而不是完整的分子量。為測得精確的分子量范圍，最好用其他測定蛋白分子量的方法加以校正。此法對球蛋白及纖維狀蛋白的分子量測定較好，對糖蛋白，膠原蛋白等分子量測定差異較大。
8. 對樣品的要求：應采納低離子強度的樣品。如樣品中離子強度高，則應透析或經離子交換除鹽。加樣時，應保持凹形加樣槽膠面平直。加樣量以10-15μl為宜，如樣品系較稀的液體狀，為保證區帶清晰，加樣量可增加，同時應將樣品溶解液濃度提高二倍或更高。
9. 由于凝膠中含SDS,直接制備干板會產生龜裂現象。如需制干板，則用25%異丙醇內含7%乙酸浸泡，并經常換液，直到SDS脫盡（約需2-3天），才可制備干板。為方便起見，常采用照像法，保存照片。 展開 | 