分子量：蛋白質的分子量通常大于多肽。蛋白質是由多個多肽鏈通過肽鍵連接而成的大分子，而多肽通常由少于50個氨基酸組成。
結構：蛋白質具有三維空間結構，包括一級結構（氨基酸序列）、二級結構（α-螺旋和β-折疊）、三級結構（整個蛋白質的三維形狀）和四級結構（多個蛋白質亞基的組合）。多肽通常沒有這些復雜的三維結構，它們通常是線性的。
功能：蛋白質具有多種生物學功能，如酶、抗體、激素、運輸蛋白等。多肽通常具有較少的生物學功能，如抗菌肽、胰島素樣生長因子等。
生物合成：蛋白質的生物合成過程比多肽更復雜。蛋白質的合成需要遵循特定的遺傳密碼，通過核糖體翻譯過程將mRNA上的遺傳信息轉化為氨基酸序列。而多肽的合成過程相對簡單，通常只需要一個酶（如肽酶）就能將兩個或多個氨基酸連接起來。
降解：蛋白質和多肽在生物體內的降解過程也有所不同。蛋白質通常需要被特定的蛋白酶切割成較小的多肽或氨基酸片段，然后被進一步降解和利用。而多肽通常不需要被切割，可以直接被細胞吸收和利用。