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  • 發布時間:2019-03-29 22:50 原文鏈接: 蛋白質序列分析和結構預測實驗

    實驗步驟

    1.  人脂聯素蛋白質序列的檢索

    (1)調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);

    (2)在Search后的選擇欄中選擇protein;

    (3)在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin;

    (4)點擊go后顯示序列接受號及序列名稱;

    (5)點擊序列接受號NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后顯示序列詳細信息;

    (6)將序列轉為FASTA格式保存(參考上述步驟使用SRS信息查詢系統檢索人脂聯素蛋白質序列);
     
    2.  使用BioEdit軟件對人脂聯素蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成和疏水性等基本性質分析

    打開BioEdit軟件→將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列輸入分析框→點擊左側序列說明框中的序列說明→點擊sequence欄→選擇protein→點擊Amino Acid Composition→查看該蛋白質分子質量和氨基酸組成。

    或者選擇protein后,點擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看該蛋白質分子疏水性水平。
     
    3.  人脂聯素蛋白質序列的蛋白質同源性分析

    (1)進入NCBI/Blast網頁;

    (2)選擇Protein-protein BLAST (blastp) 

    (3)將FASTA格式序列貼入輸入欄;

    (4)點擊BLAST;

    (5)查看與之同源的蛋白質。
     
    4.  人脂聯素蛋白質序列的motif結構分析

    (1)expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的鏈接進入,或直接輸入網址(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)進入網頁;

    (2)將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄

    (3)點擊Scan;

    (4)查看分析結果(注意Prosite Profile中的motif information)。
     
    5.  人脂聯素蛋白質序列的二級結構預測

    (1)可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的鏈接進入,或直接輸入網址(http://www.predictprotein.org/)進入;

    (2)進入predictprotein頁面后,先register(注冊);

    (3)然后將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄,submission(提交)所要分析的蛋白序列;

    (4)從email信箱查看分析結果。
          
    PHD predictions結果

    PROF predictions結果
     
    6.  人脂聯素蛋白質序列的三維結構預測

    (1)進入http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html (SwissModel First Approach Mode)網頁;

    (2)選擇Automated mode (自動模式);

    (3)進入Automated mode 界面后輸入E-Mail地址和序列名稱,將將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄,點擊“submit modeling request”后,等待結果。

    (4)從email信箱查看分析結果。

    展開 
    注意事項

    1.  需下載軟件入rasmol查看三維圖象。

    2.  有時結果比較快,會馬上有結果發到E-Mail,通過E-Mail鏈接即顯示結果頁面。但有時候比較慢。

    其他

    一、作業

    1.  提交使用上述軟件對人脂聯素蛋白質序列進行基本性質分析、同源性分析、motif結構分析以及二級結構和三維結構預測的結果。

    2.  相互對比結果,說明產生不同結果的原因,總結進行上述分析所需注意的關鍵事項。


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