1. 人脂聯素蛋白質序列的檢索
(1)調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);
(2)在Search后的選擇欄中選擇protein;
(3)在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin;
(4)點擊go后顯示序列接受號及序列名稱;
(5)點擊序列接受號NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后顯示序列詳細信息;
(6)將序列轉為FASTA格式保存(參考上述步驟使用SRS信息查詢系統檢索人脂聯素蛋白質序列); 2. 使用BioEdit軟件對人脂聯素蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成和疏水性等基本性質分析
打開BioEdit軟件→將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列輸入分析框→點擊左側序列說明框中的序列說明→點擊sequence欄→選擇protein→點擊Amino Acid Composition→查看該蛋白質分子質量和氨基酸組成。
或者選擇protein后,點擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看該蛋白質分子疏水性水平。 3. 人脂聯素蛋白質序列的蛋白質同源性分析
(1)進入NCBI/Blast網頁;
(2)選擇Protein-protein BLAST (blastp) ;
(3)將FASTA格式序列貼入輸入欄;
(4)點擊BLAST;
(5)查看與之同源的蛋白質。 4. 人脂聯素蛋白質序列的motif結構分析
(1)expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的鏈接進入,或直接輸入網址(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)進入網頁;
(2)將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄;
(3)點擊Scan;
(4)查看分析結果(注意Prosite Profile中的motif information)。 5. 人脂聯素蛋白質序列的二級結構預測
(1)可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的鏈接進入,或直接輸入網址(http://www.predictprotein.org/)進入;
(2)進入predictprotein頁面后,先register(注冊);
(3)然后將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄,submission(提交)所要分析的蛋白序列;
(4)從email信箱查看分析結果。 PHD predictions結果
PROF predictions結果 6. 人脂聯素蛋白質序列的三維結構預測
(1)進入http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html (SwissModel First Approach Mode)網頁;
(2)選擇Automated mode (自動模式);
(3)進入Automated mode 界面后輸入E-Mail地址和序列名稱,將將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄,點擊“submit modeling request”后,等待結果。
(4)從email信箱查看分析結果。 展開 |