染色液種類繁多，各種染色液染色原理不同，靈敏度各異。使用時可根據需要加以選擇。常用的染色液有：
1．氨基黑10B(amino black 10B又稱為amidoschwarz 10B或naphthalene blueblack，2B
200)氨基黑10B分子式為C22H13N6S3Na3，MW=715，λmax=620-630nm，是酸性染料。其磺酸基與蛋白質反應構成復合鹽，是最常用的蛋白質染料之一，但對SDS-蛋白質染色效果不好。另外，氨基黑10B染不同蛋白質時，著色度不等、色調不一(有藍、黑、棕等)；作同一凝膠柱的掃描時，誤差較大。
2．考馬斯亮藍R250(coomassie brilliant blue R250，簡稱CBBR250或PAGE blue83)
考馬斯亮藍R250的分子式為C14H44O7H3S2Na，MW=824，λmax=560-590nm。染色靈敏度比氨基黑高5倍。該染料是通過范德瓦爾鍵與蛋白質結合，尤其適用于SDS電泳微量蛋白質染色，但蛋白質濃度超過一定范圍時，對高濃度蛋白質染色不合乎Beer定律，作定量分析時要注意這點。
3．考馬斯亮藍G250(簡稱CBBＧ250或PAGE blue G90，又名xylene brilliant cyanin G)
考馬斯亮藍G250比CBB R250多二個甲基。MW=854，λmax=590-610nm。染色靈敏度不如R250，但比氨基黑高3倍。其優點是在三氯乙酸中不溶而成膠體，能選擇地使蛋白質染色而幾乎無本底色，所以常用于重復性好和穩定的染色，適于作定量分析。
4．銀染色法
此法是Switzer.R.C和Merril.CR首先提出的，它較CBB R250靈敏100倍。但染色機制
尚不清楚，可能與攝影過程Ag+的還原相似。其靈敏度很高，牛血清為4×10-5μg/mm2，即清蛋白為8×10-5μg/mm2，cyt C為1.7×10-4μg/mm2，因此也常用于凝膠電泳蛋白質染色。