在CavinM．等人的實驗中，蛋白質芯片上的抗原抗體反應體現出很好的特異性，在一塊蛋白質芯片上10800個點中，根據抗原抗體的特異性結合檢測到唯一的1個陽性位點。Cavin M．指出，這種特異性的抗原抗體反應一旦確立，就可以利用這項技術來度量整個細胞或組織中的蛋白質的豐富程度和修飾程度。其次利用蛋白質芯片技術，根據與某一蛋白質的多種組分親和的特征，篩選某一抗原的未知抗體，將常規的免疫分析微縮到芯片上進行，使免疫檢測更加方便快捷。
