細胞融合和基因突變同屬稀有事件，所以必須具備特定的選擇方法才能從大量沒有融合的細胞中分離已經融合的細胞。在動物細胞中最早出現而且應用最廣泛的是HAT選擇法。在這一方法中，一個親本細胞株為次黃嘌呤-鳥嘌呤-磷酸核糖轉移酶缺陷型（HGPRT-）；另一個親本細胞株為胸腺嘧啶核苷激酶缺陷型（TK-），在含有次黃嘌呤（H）、氨基蝶呤（A）、胸腺嘧定核苷（T）的HAT選擇培養液中，上述親本細胞都無法生存，只有融合以后的雜種細胞才能生長，因此可以有效地選擇出雜種細胞。HAT選擇法的原理是因為核酸合成有兩條途徑：①全合成途徑，從一些小分子物質先合成嘌呤、嘧啶，最后合成核酸；②應急途徑，通過HGPRT（次黃嘌呤-鳥嘌呤-磷酸核糖轉換酶）的催化作用把次黃嘌呤轉化成次黃嘌呤核苷-磷酸（IMP），通過TK（胸腺嘧啶核苷激酶）的催化把胸腺嘧啶核苷轉化成脫氧胸腺嘧啶核苷-磷酸（dTMP），再進一步合成核酸。HAT培養液中的氨基蝶呤（A）能阻斷全合成途徑，所以兩個親本細胞都不能在HAT培養基中生長，而只有經細胞融合后得到的雜種細胞同時具有了HGPRT和TK的酶活性才能利用培養液中的次黃嘌呤（H）和胸腺嘧啶核苷（T）通過應急途徑合成核酸（見圖）。同理，任何其他方法，只要具備能使兩種親本細胞不能單獨生存而只有融合以后才能生存的條件，都可以用來進行融合細胞的選擇。