FⅨ的缺陷和分子結構異常是血友病乙的根本病理生理改變。
1.FⅨ的結構和功能 成熟人類FⅨ是由415個氨基酸殘基組成的單鏈糖蛋白(牛FⅨ為416個氨基酸)，分子量為55000，其中約20%為糖類，在肝細胞內合成，在FⅨ修飾分泌過程中，釋放28個氨基酸的信號肽和18個氨基酸的前肽，FⅨ是維生素K依賴因子之一，與其他維生素K依賴因子比較，其氨基酸順序和功能區結構存在驚人的相似性，從N-末端開始，FⅨ由4個功能區，即r-羧基谷氨酸區(G1a區)，表皮生長因子樣區(EGF區)，激活肽區和催化區。
Gla區內有12個谷氨酸殘基，在維生素K存在的情況下，經羧化酶作用成為r-羧基谷氨酸，FⅨ與鈣離子連接并通過鈣橋與磷脂表面的連接功能與此有關。
EGF，區包括EGF1和EGF2，近來認為EGF1在激活FX時起著重要作用，激活肽區含35個氨基酸殘基，即丙氨酸146-精氨酸180肽段，在FⅪa或FⅦa和組織因子復合物作用下，FⅨ在精氨酸145-丙氨酸146肽鍵和精氨酸180-纈氨酸181肽鍵2個位點先后裂解，釋放上述35個氨基酸的酸性肽段，FXa也能裂解這2個位點，生成的活性FⅨ稱為FⅨaβ，形成N-末端的酪氨酸1-精氨酸145輕鏈和C-末端的纈氨酸181-蘇氨酸415重鏈，輕鏈和重鏈在半胱氨酸132-半胱氨酸289處以二硫鍵相連接。
FⅨ存在另一條非生理性的激活途徑，Russell蛇毒蛋白僅裂解上述第2個位點，不釋放肽段，也有生物活性，稱為FⅨαβ，因而第二個位點的裂解是FⅨ激活必不可少的，僅第1個位點裂解無生物活性，催化區相當于FⅨa的重鏈，具有典型絲氨酸蛋白酶擁有的催化三聯體，在FⅨ的位點為組氨酸221，天門冬氨酸269和絲氨酸365，激活的因子Ⅸ(FⅨα)在輔因子FⅧa，鈣離子和磷脂存在時激活FX。
2.FⅨ基因和基因缺陷 FⅨ基因位于X染色體長臂末端(Xq27)，基因長34kb，包括8個外顯子和7個內含子，其mRNA長2.8kb，血友病乙的基因缺陷已有許多報道，包括點突變，框架移位，缺失，插入和其他導致FⅨ蛋白質結構和功能改變的異常，已有400多種基因缺陷導致血友病乙，分布于FⅨ的各功能區，表1示FⅨ各功能區在1996年前已知的不同突變的數目，表2列出了一些已知的FⅨ基因內的突變，約30%以上的突變發生在CPG二核苷酸序列，包括C→T，G→A轉換，常影響精氨酸殘基產生功能障礙的分子，也可以產生終止密碼而形成無意突變，特別有興趣的是發生在5′啟動子區導致FⅨ Leiden的突變，其表型血友病在出生時或兒童早期FⅨ：C和FⅨ：Ag均很低，但在青春后期逐漸上升到60%以上(表2)，目前認為一些啟動子區的突變，破壞了轉錄因子的連接，導致FⅨ基因轉錄降低，青春期后雄性激素能克服轉錄缺陷并維持FⅨ一定的水平，血友病乙Bm特點為兔腦凝血活酶的凝血酶原試驗(Prr)正常而牛腦凝血活酶的胛延長，這是由于錯義突變影響了FⅨ蛋白質中位于180，181和182的氨基酸殘基以及接近活性位點區的幾個殘基，產生了具有與牛腦凝血活酶異常反應的FⅨBm變異型。