體內的生理性抗凝物質可分為絲氨酸蛋白酶抑制物、蛋白質C系統和組織因子途徑抑制物和肝素四類。絲氨酸蛋白酶抑制物中最重要的是抗凝血酶Ⅲ，它由肝臟和血管內皮細胞產生，通過與凝血酶和凝血因子FⅨA.FⅩA.FⅪA.FⅫa等分子活性中心的絲氨酸殘基結合而抑制酶的活性。抗凝血酶Ⅲ與肝素結合后，其抗凝作用可增強2000倍。肝素是一種酸性粘多糖，主要有肥大細胞和嗜堿性粒細胞產生，在肺、心、肝、肌肉等組織中含量豐富，生理情況下血漿中含量甚微。肝素主要通過增強抗凝血酶Ⅲ的活性間接發揮抗凝作用，還可刺激血管內皮細胞釋放TFPI而抑制凝血過程。蛋白酶C由肝臟產生，其合成需要維生素K的參與，合成后以酶原形式存在于血漿中。活化后的蛋白酶C可水解滅活凝血因子Ⅴa和Ⅷa，抑制因子Ⅹa和凝血酶的激活，并促進纖維蛋白的溶解。組織因子途徑抑制物（TFPI）是一種糖蛋白，主要由血管內皮細胞產生，是外源性凝血途徑的特異性抑制劑。