角蛋白是表皮細胞的結構蛋白，隨著分化程度的不同，表皮細胞表達不同的角蛋白，因而可用于鑒別表皮干細胞、短暫增殖細胞和終末分化細胞。表皮干細胞表達角蛋白19；短暫增殖細胞表達角蛋白5和14；終末分化細胞表達角蛋白1和10。一般認為皮膚基底層、毛囊隆突部干細胞角蛋白19表達陽性，但有毛發皮膚基底層的表皮干細胞角蛋白19表達陰性。
Roh等在實驗中發現毛囊隆突部表皮干細胞表達角蛋白15，而且在干細胞的分化過程中，角蛋白15表達的減少較角蛋白19表達的減少更早，角蛋白15陰性而角蛋白19陽性的細胞可能是“早期”短暫增殖細胞，在鑒別毛囊干細胞方面，角蛋白15可能比角蛋白19更有意義。但Porter等研究結果顯示角蛋白15存在于整個毛囊根部外鞘中。