解剖功能綜合征的鑒別診斷主要是不易與原發性硬化性膽管炎相鑒別，兩者均表現為梗阻性黃疸。但在后者大多伴有腸道炎性疾病，膽道成像可見部分或全部肝外膽管環形狹窄，肝內膽管常受累，其程度比肝外者嚴重，輕度擴張的膽管呈串珠樣。再者就是與膽系腫瘤的鑒別，膽管癌患者全身情況差，黃疸呈進行性加重，不可逆，CT掃描對鑒別有幫助；通過影像學檢查可以排除膽總管結石，通過病史可以排除外傷或醫源性引起的膽管狹窄。
