解剖功能綜合征的CT（computerized tomography）診斷，國內外文獻報道不多。但CT能較好地顯示含鈣結石及肝門區的解剖關系，可提示此綜合征與其他疾病鑒別診斷的征象。CT主要表現為：膽囊頸增寬；膽囊外的含鈣結石；靠近膽囊有一個不規則的囊腔；胰腺段以上膽管梗阻征象。肝門區多囊多管征和肝門區擴張的膽管壁增厚以及肝門區各結構之間的脂肪間隙顯示模糊和消失征象，后者是由于膽囊頸或膽囊管嵌頓結石引起膽囊管擴張、扭曲和膽囊周圍炎的表現。如CT未顯示含鈣結石，但有胰上段的膽管擴張、增厚、肝門區脂肪間隙顯示不清及消失，也應考慮此綜合征的可能。但應與腫瘤及其他疾病引起的類似征象鑒別。由于CT橫斷面的限制，常不能顯示膽囊頸/管結石嵌頓壓迫肝總管的直接征象，與超聲相比并無更多優勢，但隨著螺旋CT三維重建技術的開發及在膽系疾病中的應用，在此綜合征的診斷中具有一定的潛力，目前尚未見此方面的文獻報道。