埃布斯坦綜合征發病可早可晚癥狀可輕可重體征可多種多樣。嚴重畸形者，出生后即可有明顯發紺和充血性心力衰竭；畸形較輕者，直至成年不一定出現明顯癥狀該畸形最突出的癥狀是發紺和充血性心力衰竭。埃布斯坦綜合征的主要體征包括：膨隆而又安靜的心前區(望診無明顯心前區搏動，觸診無肺動脈關閉感)；第1心音和第2心音明顯分裂，可有增強的第3心音，還可以出現第4心音；分裂的第1心音的第2成分常呈喀喇音性質此即所謂揚帆征(sailsign)；三尖瓣區可出現柔和的收縮期雜音及短促的舒張中期雜音。此外還有發紺杵狀指(趾)頸靜脈收縮期正性搏動。
Siber認為，對該畸形來說，最具有特征性的體征是這樣兩組：①發紺伴安靜的心前區；②第1心音、分裂的第2心音、增強的第3心音或第4心音所構成的四重奏。可以合并心力衰竭、心律失常、腦栓塞和腦膿腫等并發癥。
診斷本病時下列要點具有參考價值：
1.新生兒期青紫癥狀明顯以后減輕或完全消失，年長后青紫重新出現
2.青紫癥狀合并快速型心律失常應首先考慮本病
3.右向左分流的先心病，肺血偏少而無右室肥厚。
4.心臟增大，但心前區搏動很弱，聽診時有多音律心音。
5.肺血偏少而心影增大，主動脈和肺動脈影偏小，心影似球囊。
6.P波特高，但無右室肥厚的圖形。
7.右心導聯示完全性右束支傳導阻滯及細小多相的寬QRS波。
8.有青紫伴B型預激綜合征，肺血偏少者。
9.V1～4導聯上有QR型波及T波倒置。
10.超聲心動圖顯示三尖瓣附著點下移
診斷時根據臨床表現和血流動力學變化可將埃布斯坦綜合征分為3型：
①輕型：無或輕度青紫，心功能Ⅰ～Ⅱ級心臟輕～中度增大，心內分流以左向右為主，右房與功能性右室之間無壓差心血管造影無雙球征，不需要手術或僅關閉心內缺損即可，預后良好。
②狹窄型：青紫明顯，心功能Ⅱ級以上，心臟輕～中度增大肺循環血流量減少，擴大的右房與功能性右室之間有壓差，心內分流為右向左，心血管造影見雙球征，需要手術治療。
③閉鎖不全型：無或輕度青紫，心功能Ⅱ級以上，心臟重度增大，右房與功能性右室之間無壓差，心內分流可為左向右或右向左，造影可見右房極大，有雙球征，需手術治療。
其它輔助檢查：埃布斯坦綜合征的診斷，臨床癥狀和體征固然可能給予重要提示但要作出準確診斷尚有賴于下述各項輔助檢查，尤其是選擇性心血管造影術。
1.心電圖：P波振幅增高及(或)增寬，有時可見切跡以Ⅱ、Ⅲ，aVF以及V1導聯最為清楚。有人認為P波改變的程度與預后有關，P波正常者常無癥狀；顯著異常者，不但常有癥狀而且極易在短期內迅速死亡。P-R間期常延長完全性或不完全性右束支傳導阻滯幾乎見于每一病人。肢體導聯及右胸導聯常有低電壓。右心室肥厚偶見，但絕無左心室肥厚的圖形。Vl～4導聯的QRS波群呈Qr型并伴有T波倒置，是本畸形一種特異性心電圖變化。該畸形病人約有5%～25%合并預激綜合征(B型)。先天性心臟病合并預激綜合征者，其中30%為Ebstein畸形。因此，在臨床上，當先天性心臟病合并預激綜合征時，應疑及Ebstein畸形之可能。這種畸形可發生各種心律失常，其中陣發性室上性心動過速常見，即使無預激綜合征也是如此其他心律失常如房性期前收縮、心房撲動或心房顫動等均可見。
2.X線檢查：輕度畸形者，心臟擴大不明顯，肺血正常。中、重度畸形者，心臟向兩側擴大，主要為右心房擴大。透視下心緣搏動不明顯，與擴大的心臟很不相稱，類似于心包積液或肺動脈口狹窄伴心力衰竭的X線征象。由于右心房擴大加上右心室流出道向左移位，心影可呈方盒形或漏斗形，少數病變可呈球形。肺血減少，主動脈結正常或偏小。
3.超聲心動圖：最典型的表現是三尖瓣前葉活動振幅增加同時又有關閉延遲(至少要在二尖瓣關閉后0.04s才關閉)。此外，如果將探頭放在一般顯示右心室的部位可見巨大心腔(房化的右心室)，還可見到三尖瓣的EF斜率(舒張早期的關閉運動)減慢。
4.右心導管檢查：以往認為埃布斯坦綜合征作心導管檢查危險性極大，易發生嚴重的心律失常，甚至危及生命。因此若不考慮心臟矯治術，最好不作此檢查現在認為若臨床診斷不明時盡管有危險仍應進行。在有經驗人員操作及有搶救設備條件下，危險不大。一組國際合作研究本畸形患者共505例，行導管檢查及造影共363例，發生心律失常者100例，其中死亡13例。右心導管檢查時導管常盤繞在擴大的右心房內。操縱導管往往可將導管尖送入左心房(通過心房間交通)，但卻難于進入右心室。右心房內壓力較高，右心房壓力曲線示a波、v波增大。右心室舒張壓高，收縮壓正常或稍高。
肺動脈壓正常或偏低當從肺動脈到右心室，或從右心室到右心房回抽導管，并連續記錄壓力曲線時，可發現肺動脈瓣兩側有收縮壓差，三尖瓣兩側有舒張壓差。多數病人，在心房水平有右至左分流，偶可發現該水平有左至右分流。這里應特別提到的是，如能同時記錄壓力曲線和心腔內心電圖，常可發現在右心房與功能性右心室之間有一移行區(圖1)。該區所錄得的壓力同右心房而腔內心電圖圖形同右心室。這個移行區即為房化了的右心室。這一發現，常有助于埃布斯坦綜合征的診斷。
5.選擇性右心系統造影：該畸形造影診斷的主要依據是：三尖瓣畸形、下移和右心室房化一般于顯影的右心房室下緣可見兩個切跡，其一在脊柱中線附近，為固有的三尖瓣環；其二位于脊柱左側為下移之三尖瓣的反映。兩個切跡之間即為房化的右心室另外，選擇性右心房造影，尚可發現右心房明顯擴張，造影劑通過緩慢；左心房、左心室、主動脈早期顯影(有心房間交通時)。選擇性右心室造影，還可發現三尖瓣反流，右心室流出道狹窄或擴張。