本病診斷依賴于典型的臨床癥狀，心臟和肌肉的體征。
1.嬰兒型
可根據尿內酸性麥芽糖及中性麥芽糖缺乏確診。
2.兒童型
可根據肌肉、肝臟、心臟、白細胞內酸性麥芽糖下降確診。
3.成年型
可根據肌肉、肝內酸性麥芽糖下降或消失而中性麥芽糖正常，或肌肉活組織檢查于切片中見到較多的糖原沉積，周圍血白細胞的糖原染色陽性，予以肯定診斷。
4.GAA活性測定診斷法
GAA活性測定法是一種損傷較小、操作簡便的診斷方法，也是一項診斷Ⅱ型糖原累積病的金標準，可以幫助確診。常用的方法是對取自皮膚活檢的成纖維細胞進行培養，當培養到一定數量時對細胞內的GAA活性進行檢測。但此過程需要4～6周，因此明顯延遲了診斷。