促性腺激素水平明顯升高,性激素水平降低是重要的診斷依據,遺傳性檢查顯示染色體核型為46,XY,具有確診價值,由于46,XY性腺發育不全綜合征可合并腫瘤,應進行病理檢查進行腫瘤的篩查。除了實驗室檢查,還應結合病史及臨床特征進行診斷。完全性雄激素不敏感綜合征和46,XY的17a2羥化酶缺乏鑒別。