各種致病菌都可引起敗血癥。常見者有金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎鏈球菌、大腸桿菌、腦膜炎雙球菌、綠膿桿菌、變形桿菌、沙門菌屬、克雷白菌屬等。當機體抵抗力降低時，致病力較弱的細菌或條件致病菌，如表皮葡萄球菌等也可引起敗血癥。
近年來致病菌種已發生變化，由革蘭陽性球菌引起的敗血癥有所下降，而革蘭陰性桿菌、厭氧菌和真菌所致者逐年上升，這與血管插管、體內異物置人等醫學新技術的開展和抗生素的過度應用有一定關系。
