選擇質粒載體的要素是要了解可用到的載體的特征和預測重組克隆所用于的實驗。
所有的質粒載體都有三個共同的特征：一個復制子、一個選擇性標志和一個克隆位點。復制子是含有DNA復制起始位點的一段DNA（ori），也包括表達由質粒編碼的復制必需的RNA和蛋白質的基因。選擇性標志對于質粒在細胞內持續存在時必不可少的。克隆位點是限制性內切酶切割位點，外源性DNA可由此插入質粒內，而且并不影響質粒的復制能力，或為宿主提供選擇性表型。
選擇性標志：編碼抗生素抗性的基因對質粒載體來說是最普遍的細菌選擇性標志（如pBR322）；主要的抗生素選擇基因有：氨芐青霉素，氯霉素，四環素和卡那霉素四種。轉化的宿主菌一般都是抗生素敏感型的，獲得質粒后，它能在有抗生素的平板上生長，從而達到篩選的要求。另一個顯性的選擇標志就是對λ噬菌體感染的免疫（也就是λ阻抑物）。有時也會用的一些隱性標志，如leuB-（亮氨酸存在時就不能生長）。