對實驗儀器性能的比較一直以來都是一個存在很多爭議的話題。因為性能是服務于需求的，是取決于待測樣品和實驗步驟的。質譜儀對單獨肽段樣品進行檢測時敏感度總是很低，不過如果生物樣品的基質背景（matrix background）很高，那么檢測的敏感度就會提高好幾個數量級。這種同一款儀器在性能上表現出來的“不穩定性”其實很常見，在儀器處于不同操作條件或狀態下時（比如在最優條件下，常規條件下和大批量處理條件下）它們的性能表現都是不同的。
實驗目的是想進行定量分析還是蛋白質鑒定，這也決定了該使用哪種儀器。在蛋白質鑒定試驗中，儀器的分辨率（能很好地區分不同組分）和準確性是最主要的，而在定量研究中，敏感度、動態范圍和MRM能力才是最主要的。因此，我們應該根據實驗目的的需要以及實驗設計安排來確定該使用哪種質譜儀。
要想用全掃描模式（full scanmode）獲取定量數據的同時再用MS/MS模式獲取定性數據是一件非常困難的事情。不過某些“雜交”質譜儀，比如LIT-ICR質譜儀，由于它們能夠平行采集數據，因此可以部分解決上面那個問題。精確的定量分析需要源自整個洗脫圖（entire elution profile）的高質量的、高信噪比的數據信息。數據質量與數據采集參數高度相關，這些數據采集參數包括掃描時間或者采樣時間（對于非掃描質譜儀而言）。因此，我們經常需要在數據質量和樣品處理能力（量）之間做出取舍。