按使用的質量分析器類型分為磁質譜儀、四極桿質譜儀、離子阱質譜儀、飛行時間質譜儀和傅里葉變換質譜儀等。
按應用范圍可分為放射性核素質譜儀、無機質譜儀和有機質譜儀。
按分辨本領還可分為高分辨、中分辨和低分辨質譜儀。
按工作原理可分為靜態儀器和動態儀器。
