優點
高特異性、高靈敏度、單次分析的快速性、檢測信息的豐富性，以及對復雜生物基質分析的高耐受性
不足：
1、所需的標準物質、試劑、耗材和儀器的維修服務等成本高；質譜實驗室的儀器設備昂貴，技術人才匱乏，臨床應用的門檻高。 2.自動化程度較低，對人依賴性較大；同時在數據處理和報告發放環節，仍未實現自動化；3. 對于質譜技術應用較成熟的項目，檢測數據仍缺乏統一的應用標準[3] ，而且結果易受干擾，存在較大的風險；4. 目前均為自建方法檢測，不能標準化和規范化。美國臨床實驗室標準化協會已發布臨床質譜的使用指南，中華醫學會檢驗醫學分會、衛生計生委臨床檢驗中心和《中華檢驗醫學雜志》編輯部共同發布了《液相色譜-質譜臨床應用建議》[4]；5.國內監管不成熟，檢測項目無收費標準。