軀體感染伴發的精神障礙總的鑒別診斷根據是：
1.與其他疾病時的譫妄狀態相鑒別 感染性的譫妄狀態應與其他原因引起的譫妄狀態相鑒別，如各種中毒性譫妄，震顫譫妄，癔癥性意識障礙等，鑒別時注意病史，臨床相及軀體病征。
2.與伴有幻覺妄想的精神分裂癥相鑒別 感染性幻覺癥，當出現與其相應的妄想時，應與以感染為誘因的精神分裂癥相鑒別，前者多少具有一定程度的意識障礙及虛弱狀態，幻覺妄想內容較少離奇荒謬，當感染消除后精神癥狀也逐漸消失，精神分裂癥時，于感染消除后，精神分裂癥的臨床特點反而顯露出來。
3.與神經官能癥的鑒別 感染的初期，病人可出現疲乏無力，頭痛頭暈，睡眠障礙，情緒不穩等，應與神經官能癥相鑒別。
4.針對各種不同原發感染疾病的鑒別診斷依據 如：
（1）流行性出血熱所致精神障礙鑒別診斷：
①譫妄狀態的鑒別：感染性的譫妄狀態應與其他原因引起的譫妄狀態相鑒別，如各種中毒性譫妄，震顫譫妄，癔癥性意識障礙等，鑒別時注意病史，臨床相及軀體病癥。
②幻覺癥的鑒別感染性幻覺癥當出現與其相應的妄想時，應與以感染為誘因的精神分裂癥相鑒別，前者多少具有一定程度的意識障礙及虛弱狀態，幻覺妄想內容較少離奇荒謬，當感染消除后精神癥狀也逐漸消失，精神分裂癥在感染消除后，精神分裂癥的臨床表現反而暴露出來。
③衰弱狀態的鑒別感染初期，病人可出現疲乏無力，頭痛頭昏，睡眠障礙，情緒不穩等，應與神經官能癥鑒別。
（2）傷寒，副傷寒伴發的精神障礙鑒別診斷：
①譫妄狀態的鑒別：感染性的譫妄狀態應與其他原因引起的譫妄狀態相鑒別，如各種中毒性譫妄，震顫譫妄，癔癥性意識障礙等，鑒別時注意病史，臨床相及軀體病癥。
②幻覺癥的鑒別感染性幻覺癥當出現與其相應的妄想時，應與以感染為誘因的精神分裂癥相鑒別，前者多少具有一定程度的意識障礙及虛弱狀態，幻覺妄想內容較少離奇荒謬，當感染消除后精神癥狀也逐漸消失，精神分裂癥在感染消除后，精神分裂癥的臨床表現反而暴露出來。
③衰弱狀態的鑒別感染初期，病人可出現疲乏無力，頭痛頭昏，睡眠障礙，情緒不穩等，應與神經官能癥鑒別。
（3）HIV鑒別診斷：
①與其他感染性疾病相鑒別：如結核，系統性紅斑狼瘡，結締組織病，血液病的某些癥狀相鑒別。
②與能引起淋巴結腫大的疾病相鑒別：如霍奇金病，卡波濟肉瘤，淋巴瘤等。
③與其他皮膚病相鑒別：如皮膚病，黏膜紫癜，血友病的皮膚改變相鑒別。
④與梅毒，淋病相鑒別。
⑤與使用免疫抑制劑或其他引起免疫抑制的疾病相鑒別。
⑥如產生焦慮，抑郁，癡呆等精神癥狀需與抑郁癥，阿爾茨海默病，多發梗死性癡呆，麻痹性癡呆等相鑒別。