轉基因動物可用于觀察目的基因在胚胎不同發育階段的特異性表達、關閉及調控機制，了解調控順序（如增強子、啟動子）在組織特異性表達中的作用，例如人腎素基因在小鼠體內的特異性表達可能與該基因的5’端側翼順序有關。
此外，轉基因動物還可用于識別動物發育過程中的基因（包括內源基因）及其活動，也可測出與動物發育相關的未知基因的表達特性。
